Le début de l'année 1643 voit la création de l'Incoronazione di Poppea, au Teatro San Giovanni e Paolo, à Venise. Puis Monteverdi meurt le 29 novembre 1643. 
Après sa mort, l'œuvre est redonnée plusieurs fois à Venise et à Naples, ce qui était courant à l'époque, puis tombe dans l'oubli. Toute trace de la partition se perd. Ce n'est qu'en 1888 qu'un exemplaire est découvert à Venise. En 1930, une seconde partition est retrouvée à Naples. Ces deux partitions, rédigées par divers copistes, ont été établies et adaptées pour des reprises de l'œuvre autour des années 1650. Elles diffèrent entre elles sur de nombreux points, comme il était courant à l'époque, faisant montre d'une adaptation aux goûts des différents théâtres. Dans l'une comme dans l'autre, certains passages révèlent la main d'autres compositeurs que Monteverdi (peut-être Cavalli, Ferrari, Sacrati). Chaque fois qu'on redonne Poppea, c'est donc à une re-création de la partition à laquelle on assiste, reflétant les choix de chaque interprète.